高等教育研究所的主要职责包括两大方面，即教育教学研究和教研管理工作。具体如下：

1.负责建立、完善学校高教研究的规章制度；

2.参与学校的专业设置及教学改革、管理体制改革等的论证工作，为学校的教育教学改革决策提供咨询；

3.紧密围绕学校教育教学改革发展的重大问题，组织开展高等教育和职业教育理论与实践专题研究，提高教师的教学研究能力，打造学校高教研究队伍；

4.密切跟踪国内外高等教育、职业教育发展动态，收集高教研究信息并及时在学校网站发布，为广大教职员工提供最新的高等教育改革信息；

5.组织和管理国家、省级有关教育教学研究项目的申报、预审、鉴定等工作；规划与管理校级教育教学研究课题的立项、评审、结题工作；

6.组织各级各类教学成果奖和各类优秀教育科研成果奖的培育、评选和推荐工作；

7.组织各级各类教研平台（基地）的培育、申报、评选和验收工作；

8.做好高教文献资料的收集、整理、交流工作和教研课题相关材料的归档保管工作；

9.负责与国内外高校和高等教育研究机构加强联系与交流，组织或参与有关教育教学研究的学术交流活动；

10.负责各级各类教育教学研究项目资助经费的管理和报账工作；

11.完成吉林省教育厅、吉林省教育科学研究院、吉林省教育科学规划办公室和吉林省高教学会等上级管理部门交办的教研工作任务；

12.完成学校主管领导交办的其他工作。