为了突出教育教学研究在促进高校内涵发展和特色办学中的地位，引领教育教学改革发展方向，提高全校教育教学研究的整体水平和办学质量，吉林工程技术师范学院于2012年成立了高等教育研究所，与教务处合署办公。2018年3月，高等教育研究所成为一个独立的处级单位，逐渐牵头开展学校层面的高等教育理论研究和改革实践。2022年3月高等教育研究所更名为“高等教育研究院”。

高等教育研究院是我校组织高等教育（本科、研究生）、职业教育教学改革研究和教研课题管理及教育教学成果奖励评选等业务的职能部门。主要承担各级各类教育教学研究课题和奖项管理、高等教育科学理论研究、校本教育教学改革发展调研和咨询、职业教育教学规律与特色探索、为学校实施重大教育教学改革规划提供智力支撑等任务，兼具教研管理、理论研究，实践指导和咨询服务等功能。